【SN商检标准】 国境口岸微孔板基因芯片检测方法第2部分:结核分枝杆菌及katG和rpoB耐药变异基因

中华人民共和国出入境检验检疫行业标准 SN/T4283.2—2015 国境口岸微孔板基因芯片检测方法 第2部分：结核分枝杆菌及katG和rpoB耐药变异基因 Test method of microplate gene chip at frontier port—Part 2: Mycobacterium tuberculosis and drug resistant mutations of katG and rpoB genes 2015-05-26发布 2016-01-01实施 前言 SN/T4283《国境口岸微孔板基因芯片检测方法》为系列标准，分为六个部分：第1部分：通用技术规程；第2部分：结核分枝杆菌及katG和rpoB耐药变异基因；第3部分：7种呼吸道病毒；第4部分：肠道病毒及肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型；第5部分：肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌；第6部分：12种食源性致病菌。 本部分为SN/T4283的第2部分。 本部分按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本部分由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。 本部分起草单位：中华人民共和国深圳出入境检验检疫局、深圳市检验检疫科学研究院、深圳市南山区慢性病防治院、珠海精标仪器有限公司。 本部分主要起草人：刘春晓、杨燕秋、张涛、张树平、刘君、顾大勇、史蕾、赵纯中、何建安、徐云庆、李永进。 1 范围 SN/T4283的本部分规定了国境口岸结核分枝杆菌及katG和rpoB耐药变异基因的微孔板基因芯片检测方法。 本部分适用于在国境口岸实验室采用微孔板基因芯片技术对结核分枝杆菌及katG和rpoB两个耐药变异基因进行检测。 2 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。 GB 19489 实验室生物安全通用要求 SN/T 1262 国境口岸结核病检验规程 SN/T 2752.4—2011 卫生检疫人员的自我防护规范 第4部分：实验室人员 SN/T 3312 结核分枝杆菌-干扰素体外检测方法 SN/T 4283.1 国境口岸微孔板芯片检测方法 第1部分：通用技术规程 WS 233 微生物和生物医学实验室生物安全通用准则 3 术语和定义 SN/T4283.1和SN/T1262、SN/T3312界定的以及下列术语和定义适用于本文件。 3.1 耐药变异基因 (drug resistant mutations)：由于发生碱基的插入、缺失、置换等而导致耐药产生的基因。耐药基因变异是结核分枝杆菌产生耐药性的主要机制。 3.2 katG基因 (katG gene)：过氧化氢酶-过氧化物酶 (catalase-peoxidase) 的编码基因。 3.3 rpoB基因 (rpoB gene)：结核杆菌DNA依赖RNA聚合酶 (DNA-dependent RNA polymerase, DPRP) β亚单位的编码基因。 4 缩略语 SN/T4283.1界定的以及下列缩略语适用于本文件。 KatG：过氧化氢酶-过氧化物酶 (catalase-peroxidase) rpoB：RNA聚合酶β亚单位 (RNA polymerase beta-subunit) MTB：结核分枝杆菌 (Mycobacterium tuberculosis) WT：野生型 (wild type) 5 生物安全防护要求 5.1 实验室应遵循GB 19489和WS 233对应的生物安全要求。实验人员的防护遵循SN/T 2752.4—2011的要求。 6 主要设备和试剂 6.1 主要设备：基因芯片点样仪、芯片杂交仪、芯片清洗显色仪、生物芯片全自动扫描判读仪、PCR仪、生物安全柜、离心机、移液器、恒温水浴锅等。 6.2 主要试剂：结核分枝杆菌及katG和rpoB耐药变异基因微孔板芯片检测试剂盒或自行设置结核分枝杆菌及katG和rpoB耐药变异基因微孔板芯片检测试剂（相关引物及探针序列参见附录A)。 7 检测流程 7.1 样品核酸的提取 7.1.1 痰液等标品DNA的提取如下：吸取痰液于酪样或脓性黏液部分（或胸水、肺泡灌洗液、浑浊的脑脊液离心后取沉淀物）2mL于无菌尖底离心管内，加入等量临用前新鲜配制的消化液（4%NaOH 50mL + 2.94%柠檬酸钠 50mL + N-乙酰-L...）