【地方标准】 奶牛A2型β-酪蛋白基因检测技术规程

DB37/T 3570—2019
山东省地方标准
奶牛A2型β-酪蛋白基因检测技术规程
Code of practice for detection of A2 type of β-casein gene in dairy cattle

2019-05-29发布
2019-06-29实施
山东省市场监督管理局

前言
本标准按照GB/T 1.1—2009给出的规则起草。
本标准由山东省畜牧兽医局提出并监督实施。
本标准由山东省畜牧业标准化技术委员会归口。

本标准起草单位：山东省农业科学院奶牛研究中心、山东省畜牧总站、山东奥克斯畜牧种业有限公司、大同市南郊区四方高科农牧有限公司、中国农业大学、江苏省农业科学院畜牧研究所。
本标准主要起草人：黄金明、王秀革、瀚志花、姜强、王玲玲、张思聪、张亚冉、高亚平、魏晓超、刘文浩、高运东、侯明海、曲绪仙、段志伟、戴蕴平、仲踏峰。

1 范围
本标准规定了奶牛A2型β-酪蛋白基因检测的技术方法。
本标准适用于奶牛A2型β-酪蛋白基因的检测与分型。

2 规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。
GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法
GB/T 19495.2—2004 转基因产品检测实验室技术要求
GB/T 27642—2011 牛个体及亲子鉴定微卫星DNA法
DB37/T 2037—2012 牛白细胞黏附缺陷症（BLAD）基因分子检测技术规程

3 术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。

3.1 A2型β-酪蛋白 A2 β-casein, A2 CSN2
β-酪蛋白（β-casein）含有多种蛋白变体型（A1、A2、A3、B、C、E、F、H1、I）。β-酪蛋白不同变体型之间的区别就在于β-酪蛋白基因（CSN2）编码区一个或几个碱基的变化，导致相应氨基酸的改变。当CSN2基因编码区上的8个SNP位点 c.151 G>A、c.154 G>A、c.245 C>A、c.307 C>A、c.322 A>C、c.363 C>A、c.411 C>G、c.500 C>T，基因型分别为 c.151 (GG)、c.154 (GG)、c.245 (CC)、c.307 (CC)、c.322 (AA)、c.363 (CC)、c.411 (CC) 和 c.500 (CC) 时，称为A2型β-酪蛋白。

3.2 A2奶牛 A2 Cow
拥有A2型β-酪蛋白基因的奶牛，简称为A2奶牛。

3.3 多重PCR multiplex PCR
又称多重引物PCR或复合PCR，是指在同一PCR反应体系中加上两对或两对以上引物，同时扩增出多个对应的目标核酸片段的PCR反应。

3.4 多重连接酶检测反应 multiplex ligase detection reaction, MLDR
是一种利用高温连接酶实现对基因多态性位点识别的高特异性基因检测技术。

4 检测原理
基于奶牛β-酪蛋白基因序列（参考序列：ENSBTAT00000003409），结合β-酪蛋白不同变体型（A1, A2, A3, B, C, E, F, H1, I）对应的8个SNP位点（c.151 G>A、c.154 G>A、c.245 C>A、c.307 C>A、c.322 A>C、c.363 C>A、c.411 C>G、c.500 C>T），设计两对特异性引物（Primer mix）进行多重PCR扩增出8个SNP位点所在的目的DNA片段；再对每个SNP位点设计三条探针引物（Probe mix），其中在SNP位点一侧设计两条特异性检测探针（每条探针的3'端与突变位点的一种基因型互补），在另一侧设计一条与模板完全匹配的荧光标记探针；然后在连接酶的作用下，以扩增的多重PCR产物为模板，当两侧的探针与目的DNA序列完全互补时连接反应才能进行；最后通过ABI 3730XL测序仪，扫描连接反应所产生的片段长度，实现对不同SNP位点的检测。

5 主要试剂
除另有规定，所用试剂均为分析纯，水为符合GB/T 6682规定的双蒸水；高压灭菌条件为121℃，1.034×10⁵ Pa压力，蒸汽灭菌20 min。试剂见附录A。

6 主要仪器设备
见附录B。

7 检测方法

7.1 样本采集
颈静脉采集血样3 mL～5 mL，ACD抗凝，-20℃保存。对公牛，亦可采集2～3剂细管精液（0.25 mL或者0.5 mL规格），液氮保存。0.1 g～0.3 g组织（耳组织、肌肉）或带毛囊的牛毛浸入75%的酒精，-20℃保存备用。

7.2 DNA提取

7.2.1 血液DNA的提取
血液DNA提取按DB37/T 2037—2012中7.2.1规定的方法执行。

7.2.2 精液DNA提取
精液DNA提取按DB37/T 2037—2012中7.2.2规定的方法执行。

7.2.3 组织和带毛囊的牛毛DNA提取
组织和带毛囊的牛毛DNA的提取按GB/T 27642—2011中附录B规定的方法执行。

7.3 多重PCR扩增

7.3.1 多重PCR扩增引物设计
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