【SN商检标准】 基因条形码筛查方法第3部分:检疫性植原体

SN/T 4877.3-2017.DNA barcoding screening method-Part 3:Quarantine phytoplasma.
1范围
SN/T 4877.3规定了检疫性植原体DNA条形码筛查方法中DNA提取、基因扩增、序列的比对分析及结果判定等。
SN/T 4877.3适用于检疫性植原体的筛查鉴定。
2术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
2.1 DNA条形码
生物体内能够代表该物种的,标准的有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。
2.216S rRNA基因
原核生物核糖体30S小亚基的组成部分。在细菌的进化过程中,16SrRNA基因的进化相对保守，被认为是衡量生命进化历史最理想的标尺,16SnRNA基因序列具有高度的保守性和特异性,在植原体的分类鉴定中广泛应用。
2.3tuf基因
延伸因子基因,是植原体转录过程中的关键因子为单拷页,序列相对保守,常用于植原体的分类鉴定。
3植原体基本信息
为软壁菌门(Tendericutes),柔膜菌纲(Mollicuteria),菌原体目(Mycoplasmatales),非醇原体科(Acholeplasmataceae) .植原体候选属(Candidatus phytoplasma)。检疫性植原体的具体信息参见附录A.
4方法原理
16S rRNA基因序列、虚拟的RFLP图谱及tuf基因序列是本部分中检疫性植原体筛查鉴定的主要依据。依据DNA序列分析结果与生物学信息进行最终结果判定。